ライトノベルって別に鈍感主人公の織り成すハーレムラブコメだけじゃないんですよ

「ハーレム系」じゃないライトノベルを、読んだことのあるものを中心に紹介していきます。
この記事での「ハーレム系」の定義は「"基本的に取り柄のない主人公だが無条件で異性にモテる"→"複数の異性から好意を抱かれている"というような描写があるもの」とします。
※記事を書くのが想像以上に面倒だったのでところどころ力尽きている箇所がありますが大目に見てね

主人公・主軸となる人物が男性だがハーレム系に当てはまらないライトノベル

涼宮ハルヒの憂鬱 (角川スニーカー文庫)

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言わずと知れた「ライトノベル代表」的な学園SFライトノベル。アニメ版の原作としても有名。
登場人物は女性の方が多い印象を受けるけど、しょっちゅうたくさん出てくるわけでもフラグが立つわけでもない。エロハプニングは少しあるけどほとんど最初の方の巻だけ。

とらドラ!1 (電撃文庫)

あらすじはこちら※下にある登場人物解説はネタバレが多いので読まないこと
お互いの親友に恋をした「高須竜児（主人公）」と「逢坂大河」の二人が
"お互いの恋を応援する共同戦線"を張って協力するというラブコメ。
女性の作家さんが書いているので女性の方は読みやすいかもしれない。

Fate/Zero(1) 第四次聖杯戦争秘話 (星海社文庫)

あらすじはこちら※下にある登場人物解説はネタバレが多いので読まないこと
金髪女剣士のキャラクター「セイバー」でおなじみ、ノベルゲーム「Fate/staynight」の前日談的小説（前日談といっても描かれているのは10年前だけど）。
魔術師のおっさん（一部青年）たちが願いを叶える「聖杯」を獲得するために、各々が「サーヴァント（「召喚」によって呼び出された伝説や歴史上の人物。使い魔のようなもの）」とコンビを組んで「聖杯戦争」を勝ち抜こうとする…一言で表せば「バトルロイヤル」？
舞台は少し昔の現代で主要人物の7人中4人は既婚者。戦争なので当然登場人物が結構死ぬ（ちなみに著者はまどかマギカの虚淵玄さん）。
「Fate/staynight」のネタバレ（色々な人物の秘密や○○の正体）を多少含むので、プレイしようと考えている人は一考したのち読みましょう。
※自分はアニメ版を全話見ただけで小説（これ）は読んでません。お話は知っていたので、非「ハーレム系」ライトノベルとして紹介しました。アニメと小説とで大きく変わる部分などは無いようです。

やはり俺の青春ラブコメはまちがっている。 (ガガガ文庫)

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「いかにも」なタイトルだけど、主人公が目と根性の腐ったひねくれ思考の正真ぼっちで、登場女子キャラクターにもキモいキモいと言われているハーレム系ラブコメとはほど遠いライトノベル。舞台が千葉県なので千葉県に関するネタ・千葉県民あるある的なネタも多い。
主人公とヒロイン（黒髪聡明美人・物言いがストレート）が「生徒の悩みを解決する部活」に所属しているという設定で、問題解決が話の主軸。なので内容は結構真面目なところもあったりする。でも文体がコミカルで読みやすい。
リアルぼっちの方は共感できる部分が多くて心が痛くなりつつも面白く読めるかもしれないです。（自分もそう）

ベン・トー 1 サバの味噌煮290円 (スーパーダッシュ文庫)

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「深夜のスーパーでは半額弁当を賭けたガチバトルが繰り広げられていた！」という設定の"庶民派学園シリアス・ギャグアクション"（公称）。
世界観はあんまり現実離れしていないので、バトルといってもビームとか魔法的な特殊能力とかは無い。
一番の魅力は食べ物の描写。飯テロ画像よりお腹が空く。
女性の登場人物は多いけど同時に男性の登場人物も多い、というより登場人物の数自体が多い。そしてみんなキャラが濃い。恋愛フラグはそこそこあるけどちゃんと意味があって成立してるので偉い。
あとセガ製ゲームのネタが多い（実名でいろいろなソフトやハードが登場する）。アニメではセガによる（登場ハードなどの細かい）監修もされている。
1ページごとの密度が高いのでがっつり読みたい人におすすめ。

そもそも主人公が女性のライトノベル

人類は衰退しました 1 (ガガガ文庫)

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（・ワ・）さいきんはあにめでもおなじみです？　http://www.nicovideo.jp/watch/1341379235
人類が衰退した地球が舞台のSFコメディ(?)。衰退といっても文明はそれなりに残っています。
色々な意味で絶望先生とかが好きな人は合う作品かもしれない。

ささみさん@がんばらない (ガガガ文庫)

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日本神話がモチーフのひきこもり系時々ファンタジックコメディ（途中から学園もの要素あり）。
微妙に百合っぽい雰囲気になるらしいけど自分はまだそこまで読んでません。でもあくまで友情の延長であからさまな感じではないとのこと。

聖剣の刀鍛冶(ブラックスミス) 1 (MF文庫J)

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女剣士が主人公の剣と魔法なファンタジー。恋愛要素有り（上記リンク参照）。
ファンタジーだけど「刀作り」がキーワード。詳しくは読もう。

疲れたのでおしまい（なにかありましたら自分で調べた後コメントやTwitterでどーぞ）